Urodził się 15 lutego 1792 r. w Toruniu. Rozrzutność jego ojca doprowadziła do zadłużenia dóbr rodzinnych, a sam ojciec – Jan Skarbek – by uniknąć wierzycieli wyjechał za granicę, skąd już nie wrócił. Fryderyk uzyskał świetne wykształcenie klasyczne. Jego domowym nauczycielem był Mikołaj Chopin – ojciec słynnego kompozytora i pianisty. Fryderykowi Chopinowi nadano imię dla uczczenia właśnie Skarbka, który był jego ojcem chrzestnym. W latach 1805-1808 Skarbek uczęszczał do Liceum Warszawskiego, zaś w 1809 r. wyjechał na dalszą naukę do Paryża. Po powrocie do kraju, w 1811 r. podjął karierę urzędniczą w Księstwie Warszawskim. Po upadku Napoleona pozostał w służbie publicznej Królestwa Polskiego. Pisywał m.in. do „Pamiętnika Warszawskiego”. W 1818 r. objął wakującą po odejściu Dominika Krysińskiego (1785-1853) katedrę ekonomii politycznej Wydziału Prawa i Administracji Uniwersytetu Warszawskiego, w 1820 r., otrzymał stanowisko profesora zwyczajnego, a w 1821 r. wybrano go na członka Towarzystwa Przyjaciół Nauk w Warszawie – w tej dekadzie napisał szereg rozpraw poświęconych zagadnieniom społecznym i ekonomicznym, a także powieści i sztuki teatralne. Współpracował z Komisją Rządową Spraw Wewnętrznych. Po zapoznaniu się w 1828 r. ze stanem więzień i zakładów dla ubogich w państwach niemieckich i Królestwie Niderlandów, uchodząc za czołowego znawcę tej problematyki, został powołany do Dyrekcji Szpitali i Więzień, a wkrótce potem – do Rady Stanu. Był też asesorem w Komisji Rządowej Spraw Wewnętrznych. Stworzył projekt ustawy dotyczącej włóczęgów i żebraków, uchwalony podczas sejmu w roku 1830. Pod koniec października 1830 r. wyjechał do Petersburga, gdzie zastał go wybuch powstania listopadowego. Pozostanie wówczas w Rosji wzbudziło duże kontrowersje. Car Mikołaj I w marcu 1831 r. nominował go na ministra wyznań i oświaty w Rządzie Tymczasowym Królestwa Polskiego, ale urzędu tego ostatecznie nie objął – wskutek zmiany polityki cara. Dalsze etapy jego kariery urzędniczej obejmowały: członkostwo i prezesurę w Radzie Głównej Opiekuńczej Instytutów Dobroczynnych, bycie radcą stanu w Komisji Rządowej Spraw Wewnętrznych, prezesurę Dyrekcji Ubezpieczeń. W 1847 r. otrzymał tytuł tajnego radcy. W latach 1854-1858 był dyrektorem rezydującym Komisji Rządowej Sprawiedliwości i wchodził w skład Rady Administracyjnej Królestwa. Urzędy te utracił wskutek sporu z kuratorem Warszawskiego Okręgu Szkolnego i dyrektorem Komisji Rządowej Spraw Wewnętrznych i Duchownych – Pawłem Muchanowem. Powrócił wówczas do działalności naukowej i pisarskiej. Zbliżył się do środowiska Andrzeja Zamoyskiego, prezesa Towarzystwa Rolniczego. Był natomiast skłócony z Aleksandrem Wielopolskim. Mimo rosyjskiej propozycji, nie wszedł w skład reaktywowanej Rady Stanu, obwarował bowiem przyjęcie nominacji warunkiem – nie do przyjęcia dla władz carskich – powołania zaprojektowanego przez niego, pochodzącego z wyborów organu opiniodawczego, który miałby wypowiadać się o proponowanych aktach prawnych. Zmarł 25 listopada 1866 r. w Warszawie. Główne prace: Gospodarstwo narodowe (tom 1-4, 1820), Rys ogólny nauki finansów (1824), O ubóstwie i ubogich (1827), Ogólne zasady nauki gospodarstwa narodowego... (1859, wydanie francuskie Théorie des richesses sociales, 1829), Dzieje Polski (tom 1-3, 1877); powieści: Tarło (tom 1-3, 1827), Damian Ruszczyc (tom 1-3, 1827-1828), Życie i przypadki Faustyna Dodosińskiego (tom 1-2, 1838), Pan Antoni(1824), Pamiętniki Seglasa (1845).
Ośrodek Myśli Politycznej i Wydział Studiów Międzynarodowych i Politycznych UJ wydały wybór pism Skarbka pt. Gospodarstwo narodowe (pod red. Piotra Szymańca).