W chwili wybuchu wojny w 1939 r. walczył na froncie w 22 pułku Ułanów Karpackich, dostał się do sowieckiej niewoli. Po wyjściu z aresztu zamieszkał w Krakowie i zaangażował się w działania konspiracyjne. Aktywnie uczestniczył też w pracy Rady Głównej Opiekuńczej kierowanej przez Adama Ronikiera. W roku 1944 podejmował bądź uczestniczył w szeregu inicjatywach mających na celu ograniczenie strat polskich wobec dynamicznie zmieniającej się sytuacji politycznej. Z ramienia AK prowadził negocjacje z przedstawicielami OUN dotyczące przerwania masakr na ludności polskiej w Galicji Wschodniej, prowadził rozmowy z Niemcami odnośnie zawieszenia broni w czasie powstania warszawskiego.
Aleksandra Bocheńskiego często uważa się za osobę, która wymyśliła PAX. W 1945 r. stał na czele grupy konserwatystów i narodowców która prowadziła rozmowy z komunistami odnośnie możliwości współpracy na płaszczyzny geopolitycznej (tj. sojusz z Rosją) za cenę zachowania względnej autonomii w ramach bloku wschodniego. Ostatecznie pierwotny pomysł Bocheńskiego wcielił w życie Bolesław Piasecki.
W obliczu zagrożenia sowieckim przyjmował pozycję realistyczną. W 1947 r. Aleksander Bocheński wydał najważniejszą swoją książkę Dzieje głupoty w Polsce. W duchu krakowskich stańczyków, podobnie jak Tendencje samobójcze narodu Polskiego, Bocheński bezkompromisowo atakował romantyzm polityczny i tradycję insurekcyjną. Dzieje Głupoty …. były obroną polityki prorosyjskiej Stanisława Augusta. Mimo swojego historycznego charakteru współczesne odniesienia pracy były oczywiste. Dzieje Głupoty… w Polsce stanowią pełne uzasadnienie politycznych decyzji Bocheńskiego po 1945 r. W Przedmowie do pierwszego wydania pisał: „Książka niniejsza zawiera kilka pamfletów, poświęconych naszym historykom. Napisałem ją podczas okupacji, gdy stwierdziłem w rozmowach z przywódcami naszego społeczeństwa, że – po pierwsze – mają oni dość mylne pojęcie o naszej przeszłości, a po drugie – znajdują bez trudu historyków, na których mogą się powołać dla poparcia własnego zdania. Pojęcia te wypowiadali na uzasadnienie swoich bieżących decyzji. Stąd namacalne niejako przekonałem się, że dziejopisarstwo wywiera duży wpływ na losy naszego zbiorowiska….”
W latach powojennych przyjął pozycję ugodową. Od 1945 r. do 1955 r. był dyrektorem Browarów Okocimskich. W Sejmie Ustawodawczym zasiadał z ramienia grupy „Dziś i Jutro” Bolesława Piaseckiego. Jego teksty pojawiały się zarówno w „Tygodniku Powszechnym”, jak i prasie paxowskiej: „Słowo Powszechne” czy „Dziś i Jutro”. Od 1962 r. zasiadał we władzach Stowarzyszenia PAX (do 1985). Był jednym z intelektualistów którzy wypowiedzieli się przeciwko tzw. Listowi 34. Popierał również wprowadzenie stanu wojennego, włączył się również w tworzenie PRON (w 1983 r. był członkiem Rady Krajowej). Po 1989 r. nie uczestniczył aktywnie w życiu politycznym, ideowo zbliżył się do środowisk odradzającej się endecji. Zmarł 12 stycznia 2001 r.
W swojej twórczości po 1945 r. Aleksander Bocheński nieco w duchu myślenia pozytywistycznego koncentrował się na zagadnieniach gospodarczych. Wydał szereg prac popularyzatorskich odnośnie historii przemysłu i techniki w Polsce m.in. Wędrówki po dziejach przemysłu polskiego (1966–1971), Tropem polskiej techniki (1971), Niezwykłe dzieje przemysłu polskiego (1984). W przeciwieństwie jednak do liberalnych pozytywistów, jak i np. do Stefana Kisielewskiego, był zwolennikiem gospodarki planistycznej. Ponadto opublikował wiele prac poświęconych analizie współczesnych wydarzeń politycznych czy kondycji narodowej Polaków z punktu widzenia realizmu politycznego: Rzecz o psychice narodu polskiego (1971), Parę refleksji o Polsce i świecie (1984), Rozmyślania o polityce polskie (1987). W jego tłumaczeniu ukazały się też Pamiętniki kardynała Retza, (1958), Pamiętniki Saint-Simona (1961).
***
Biogram powstał w ramach projektu „Nauka i polskie dziedzictwo intelektualne. Program popularyzacji polskich nauk humanistycznych i społecznych” finansowanego w ramach umowy 986/P-DUN/2016 ze środków Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego przeznaczonych na działalność upowszechniającą naukę.